Сразу после свадьбы Толстые обосновались в Ясной Поляне. Николай Ильич достроил большой дом, в котором его семья поселилась в 1824 году, увеличил свои земельные владения. Он выкупил свое родовое имение Никольское-Вяземское, взятое в опеку за долги, приобрел богатое имение Пирогово и надежно обеспечил будущее своих детей.
С 1994 года директором музея стал праправнук Л. Н. Толстого Владимир Толстой. С этого момента можно говорить о возвращении Толстых в Ясную Поляну и возвращении к истории, корням, традициям старой русской дворянской усадьбы. С 2000 г. каждые два года официально проводится Съезд семьи Толстых, объединяющий потомков писателя из разных стран мира.
Активно развиваются и новые направления деятельности: разработка альтернативных туристических программ, развитие культурного туризма на базе Ясной Поляны, но с выходом за ее пределы; реализация мощного потенциала в области просвещения; возрождение народных традиций и ремесел; расширение рекламной и издательской деятельности; внедрение новых технологий.
Сегодня Ясная Поляна поддерживает прочные контакты с зарубежными странами. В музее проводятся международные конференции, симпозиумы, семинары, посвященные различным вопросам толстоведения. Уже стали традиционными международные писательские встречи, осуществляются различные проекты с зарубежными партнерами, в том числе по проведению мероприятий для широкой аудитории и фестивалей.
Более сложной и разветвленной стала структура музея, в нее вошел целый ряд филиалов. Прежде всего, это культурно-исторические места, связанные с именем Толстого: Никольское-Вяземское, Пирогово, Покровское, Мансурово, станция Козлова Засека, Крапивна. К филиалам относится и научно-культурный центр «Ясная Поляна» в Туле, где располагаются издательский дом и художественная галерея.
Так или иначе, центром этого огромного музейного комплекса является усадьба «Ясная Поляна», которую мы стараемся сохранять именно такой, какой ее знал и любил Толстой. Мемориальные ландшафты усадьбы, как и старинные здания, поддерживаются в своем неизменном историческом виде. Ясная Поляна по-прежнему живет настоящей усадебной жизнью: в огромных садах собирают яблоки, пасека приносит мед, радуют глаз грациозные лошади… Вся яснополянская усадьба с ее неповторимой красотой сохраняет не только свой подлинный облик, но и дух толстовской эпохи.
23 мая 2012 года Владимир Ильич Толстой был назначен советником президента РФ по культуре и искусству. С этого момента музеем-усадьбой «Ясная Поляна» руководит Екатерина Александровна Толстая.